Hesaplamalı ve Yapısal Biyoloji Laboratuvarı

Hesaplamalı ve Yapısal Biyoloji laboratuvarında “Hesaplamalı Yapısal Biyoloji ve İlaç Keşfi” grubu olarak insan, parazit, bakteri ve virüs proteinleri ve hücreleri üzerinde araştırmalar yapılmaktadır.

Grubumuzun öncelikli çalışma alanlarından biri hesaplamalı yapısal biyoloji ve yapı-temelli ilaç tasarımıdır. Bu amaç doğrultusunda ilaç hedefi olan protein genlerinin klonlanması, rekombinant protein üretimi (E. coli ekspresyon sistemi), afinite kromatografisi ile yüksek miktar ve saflıkta saflaştırılması ve biyokimyasal-biyofiziksel analizleri yapılmaktadır. Aynı zamanda ilaç hedefi olan proteinler üzerinde etkili inhibitör olabilecek kimyasalların seçimi için protein yapılarının modellenmesi, yüksek-hacimli sanal tarama ve moleküler dinamik simülasyonları gerçekleştirilmektedir. Ayrıca anti-kanser ve anti-mikrobiyal peptitlerin tasarımı, protein-peptit ve protein-DNA/RNA aptamer etkileşimlerinin incelenmesi de bu ilaç çalışmaları içinde yer almaktadır.

Diğer bir çalışma alanımız ise poli-ekstremofilik proteinlerin evrimi ve yapısal biyolojilerinin anlaşılmasına yönelik olarak yaptığımız yapısal biyoinformatik çalışmalarını kapsamaktadır.

 

Ekip:

Doç. Dr. Özal MUTLU (Anabilim Dalı Başkanı)

Esra ALBAYRAK (Dr. adayı): Antikanser ve antimikrobiyal peptit keşfi, hesaplamalı yapısal biyoloji, realistik kanser membranlarının yapısal biyolojisi.

S. Merve BOSTANCIOĞLU (Dr. adayı): Antiprotozoal ilaç keşfi, hesaplamalı yapısal biyoloji.

Can AYGÜN (Dr. adayı): Antimikrobiyal ilaç keşfi, hesaplamalı yapısal biyoloji.

Sude BÜYÜKKURT (Y. Lisans Öğr.): Antimikrobiyal peptit keşfi, hesaplamalı yapısal biyoloji, bakteri membranlarının yapısal biyolojisi.

Sura Sanem KÖSE (Y. Lisans Öğr.): Poli-ekstremofilik proteinlerin evrimi ve yapısal biyolojileri.

 

Çalışma ortakları:

Prof. Dr. Dilek TURGUT-BALIK (YTÜ-Biyomühendislik bölümü)

Prof. Dr. Nagehan GÜLSOY (Marmara Üni-Biyoloji Bölm.)

Prof. Dr. Safiye ERDEM (Marmara Üni-Kimya Bölm.)

Prof. Dr. Ayşe OGAN (Marmara Üni-Kimya Bölm.)

Prof. Dr. Özkan GÜLSOY (Marmara Üni-Metalurji ve Malzeme Bölm.)

Prof. Dr. Özkan DANIŞ (Marmara Üni-Kimya Bölm.)

Prof. Dr. Hiqmet KAMBERAJ (Uluslararası Balkan Üni- Bilgisayar Müh. Bölm./ Makedonya)

Doç. Dr. Soner ÇUBUK (Marmara Üni-Kimya Bölm.)

Doç. Dr. Serap DERMAN (YTÜ-Biyomühendislik bölümü)

Dr. Öğr. Üyesi Sinem KOÇER (Yeni Yüzyıl Üni-Eczacılık Fak.)

Dr. Öğr. Üyesi Emrah SARIYER (Artvin Çoruh Üni.)